有些婦女身體有病，需要長時間服用某些藥物。有些藥物，如激素、某些抗生素、止吐藥、抗癌藥、治療精神病藥物等，都不同程度地對生殖細胞有影響。卵子從初期卵細胞到成熟卵子約需14天，在此期間卵子最易受藥物的影響。因此，長期服藥後忌急於懷孕。一般說，婦女在停藥物20天後受孕，就不會影響下一代。當然有些藥物影響的時間可能更長些，最好在準備懷孕時請醫生指導，然後確定懷孕時間。
當然很多藥物與胎兒畸形並無直接的關係，即使不至於導致外表上的形態畸形，但所謂的機能性畸形在現在的醫學上仍然無法百分之百的保證其不發生。所以，結婚後，特別是想為人母的女士，必須停止服用一切不必要的藥物，「順其自然」是最重要的。
孕期藥物使用參考（請在醫生的指導下正確使用藥物）
青黴素：較安全，包括廣譜青黴素如呱拉西林。口服、肌肉注射、靜脈滴注均可用於孕婦。警示：按推薦劑量使用，不可超量。
紅黴素：同類藥還有利菌紗，羅紅黴素等，分子量大，不易透過胎盤到達胎兒，青黴素過敏者可使用，衣原體、支原體感染首選藥。
先鋒黴素：目前資料無致畸作用。
危險藥品報告單
四環素：可致牙齒黃棕色色素沈著，或貯存於胎兒骨骼，還可致孕婦急性脂肪肝及腎功能不全。
慶大黴素：卡那黴素、小諾黴素等可引起胎兒聽神經及腎臟受損。
氯黴素：引起灰嬰綜合徵。
複方新諾明，增效聯磺片：可引起新生兒黃痘，還可拮抗葉酸。
呋喃膽叮：婦女患泌尿系感染時常選用，因可引起溶血，應慎用。
萬古黴素：雖然對胎兒危險尚無報導，但對孕婦有腎毒，耳毒作用。
環丙沙星、氟呱酸、奧複星：在狗實驗中有不可逆關節炎發生。
抗結核藥：使用時考慮利弊大小根據自身情況請向醫生詢問。
抗黴菌藥：克黴唑、制黴菌素、灰黃黴素，孕婦最好不用。
抗病毒藥：不主張用於孕婦。
甲硝唑：殺蟲劑，治療滴蟲感染，主張早孕期不用。
螺旋黴素：治療弓形體感染，對胎兒無不良作用。
驅蟲藥：動物有致畸作用，應慎用。
地高辛：強心藥，易透過胎盤，對胎兒無明顯不良作用，心衰孕婦可使用。
β受體阻斷劑：有引起胎兒考長遲緩的報導。
降壓藥：有明確致畸作用孕婦禁用的是血管緊張素轉換酶抑制劑，如卡托普利，血管緊張素Ⅱ受體拮抗劑如氯沙坦，其他種類降壓藥如鈣離子拮抗劑（代表藥心育定，有引起子宮血流減少的可能，利尿劑近足月給藥可引起新生兒血小板減少應慎用，乙酰唑胺功物實驗有肢體畸形，孕婦忌用。
治療哮喘的藥物：如茶千、腎上腺素、色甘酸鈉、強的松等均無致畸作用。
抗抽搐藥物：孕期服用抗抽搐藥者胎兒先天畸形發生率為後者的2-3倍。常用的有苯妥英鈉、卡馬西平、三甲雙酮、丙戊酸等。
抗精神病藥：均有致畸作用。
鎮靜藥物：如安定，舒樂安定，個別有致畸作用。
止痛藥：撲熱息痛可產生肝臟毒性。阿斯匹林可伴有羊水過少，胎兒動脈導管過早關閉。布洛芬、奈普生、吲哚美辛可引起胎兒動脈導管收縮導致肺動脈高壓及羊水過少、妊娠34周後不宜應用消炎痛，可引起胎兒腦室內出血、肺支氣管發育不良及壞死性小腸結腸炎等不良作用。
止吐藥物：未見畸形增加服道。
抗腫瘤藥物：有明確致畸作用。
免疫抑制劑：硫唑嘌呤、環孢黴素對母兒有明顯毒性。
維生素A：大量使用可致出生缺陷，最小的人類致畸量為25000-50000iuld。
維生素A異構體：治療皮膚病，異維甲酸胚胎發生期用藥可產生各種畸形。
依曲替酯（芳香維甲酸）：用於治療牛皮癬、半衰期極長，停藥2年血漿中仍有藥物測出，故至少停藥2年以上才可受孕。
激素類：達那唑、乙烯雌酚，均不宜孕婦使用，口服避孕藥沙丘度受有肯定的致畸作用。
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